En un artículo publicado en Chemical Reviews, la Unidad de Minería de Textos en Biología del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), junto con investigadores del Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) de la Universidad de Navarra y el Barcelona Supercomputing Centre (BSC-CNS), ha publicado una revisión exhaustiva sobre las metodologías de vanguardia que impulsan los motores de búsqueda de compuestos químicos, denominados sistemas de reconocimiento de entidades y minería de textos.

El creciente campo de las aplicaciones de big data en la investigación biomédica, junto con el uso del aprendizaje automático y las tecnologías de inteligencia artificial para la minería de textos, ha dado lugar a numerosas herramientas prometedoras. “Esta revisión -señalan los autores- pretende ser una guía práctica para que los investigadores se adentren en el mundo de los datos científicos y también para ayudarles a prever los próximos pasos en este emergente campo”.

“A través del lanzamiento de los Gold Standard datasets y de la organización de varios eventos de desafío comunitario, la Unidad de Minería de Textos en Biología ha desempeñado un papel crítico en el desarrollo y evaluación de los sistemas actuales de minería de textos en química”, explica Martin Krallinger, jefe de la Unidad y coprimer autor de la revisión.

Bases de datos

Buena parte de los datos biomédicos relevantes para el cáncer solo está disponible de forma no estructurada. Este tipo de datos incluye la literatura científica, las patentes de compuestos de uso médico, registros electrónicos sanitarios o documentos de ensayos clínicos. De hecho, cada año, más de 20 000 nuevos compuestos aparecen en las revistas científicas.

Transformar esta información no estructurada en bases de datos que puedan ser procesadas de forma más eficiente por los ordenadores o consultadas por la gente es crucial para cosas como la identificación de nuevas dianas farmacológicas y de efectos secundarios o encontrar nuevos usos para fármacos ya aprobados.

Los compuestos químicos y los fármacos son elementos centrales para la investigación biomédica. De hecho, “la construcción de grandes bases de datos que integren información química y datos biológicos y clínicos es crucial para la identificación y validación de nuevas dianas terapéuticas así como para acelerar el descubrimiento de nuevos fármacos”, señala Julen Oyarzabal, director de Ciencia Traslacional del CIMA y colíder de este informe.
junio 23/2017 (diariomedico.com)

Un nuevo test genético permitirá diagnosticar leucemias de células B que hasta ahora no se podían clasificar. Investigadores del Idibaps publican un estudio en la revista Haematologica en el que han desarrollado un nuevo test para el diagnóstico preciso de los síndromes linfoproliferativos de células B. Este test genético está basado en la expresión diferencial de ocho genes y permite diagnosticar estas enfermedades, incluso en los casos más complejos. El artículo lo ha coordinado Silvia Beà, investigadora del grupo de investigación Patología molecular de neoplasias linfoides del Idibaps liderado por Elías Campo. Los primeros firmantes del artículo son Alba Navarro y Guillem Clot, investigadores del mismo grupo. En el estudio han colaborado las hematólogas Alejandra Martínez-Trillos y Estella Matutes.

Los síndromes linfoproliferativos de células B engloban una serie grande de tumores hematológicos. Su heterogeneidad clínica y biológica, y la falta de marcadores específicos hacen que su diagnóstico sea complicado. Con las herramientas diagnósticas actuales, un 10-15% de los casos es inclasificable. Aunque se han documentado mutaciones y alteraciones cromosómicas más o menos específicas, ninguna de ellas permite diagnosticar un subtipo particular.

En el estudio publicado en la revista Haematologica, los investigadores analizaron el perfil de expresión génica en 200 pacientes mediante el uso de microarrays, y establecieron firmas específicas para cada una de las enfermedades leucémicas. De esta manera, pudieron clasificar algunos de los casos con un diagnóstico poco claro.

Los resultados obtenidos se validaron en otra serie de pacientes independiente y posteriormente se desarrolló un test basado en la PCR cuantitativa de solo ocho genes que permite reconocer las enfermedades y que se podría emplear en la práctica clínica habitual. Las muestras de todos los pacientes se volvieron a analizar mediante esta técnica para comprobar el resultado. “Con esta técnica hemos podido diagnosticar las dos terceras partes de los casos inclasificables y hemos establecido, a través del estudio de determinadas mutaciones, un algoritmo para poder distinguir entre tres de estos linfomas que tienen unos perfiles muy similares”, explica Silvia Beà.

Los investigadores proponen un test de ocho genes mediante qPCR que está listo para ser utilizado y que puede ser útil para clasificar estas leucemias en la práctica clínica habitual, “sobre todo en aquellos casos atípicos o con características poco específicas”, explica Beà. Y añade que, “la combinación de este test con estudios moleculares y genéticos adicionales podría mejorar el diagnóstico de estas enfermedades“.
junio 23/2017 (diariomedico.com)

Un equipo de investigadores del Centro Nacional de Biotecnología del CSIC (CNB-CSIC) ha descrito en detalle la estrategia de defensa que implementa el sistema inmunitario ante un ataque sistémico provocado por el hongo Candida. El estudio, publicado en Immunity, propone un escenario en el que el bazo funciona como un cuartel general donde las defensas se ponen a punto para acabar con una infección que afecta a todo el cuerpo.

Además, la investigación pone de manifiesto el papel central de la IL-15 en esta lucha. Esta molécula, hasta ahora no relacionada con las infecciones fúngicas, activa el sistema inmune innato a través de un mecanismo mediado por interferon tipo I (IFN-1). “La incorporación de estos dos nuevos actores presenta un escenario prometedor para el desarrollo de nuevas terapias frente a la candidiasis sistémica”, explica Carlos Ardavín, investigador del CNB-CSIC y autor principal del trabajo.

Una defensa coordinada entre el riñón y el bazo

El trabajo, llevado a cabo en roedores, indica que los monocitos del bazo, al detectar la infección, comienzan a producir IFN-1. Este a su vez induce la liberación de IL-15, la encargada de activar a las células NK. Finalmente, son los neutrófilos, activados por las células NK, los encargados de viajar hasta donde está la infección y acabar con el hongo.

Las infecciones fúngicas suponen una amenaza de primer orden, sin embargo, su impacto en la salud humana no es tan reconocido como el de otras enfermedades. Se calcula que la candidiasis sistémica afecta cada año a medio millón de individuos. Supone un problema de especial importancia para pacientes inmunodeprimidos, entre los que causa hasta un 40 por ciento de mortalidad.

Según los investigadores están apareciendo especies de Candida multiresistentes que causan infecciones cada vez más severas, por lo que es urgente explorar nuevas estrategias terapéuticas antifúngicas. Además, los científicos aseguran que los tratamientos clásicos presentan una baja eficiencia en los pacientes sometidos a fármacos inmunosupresores. “Los resultados de nuestra investigación sugieren que nuevas terapias basadas en IL-15 pueden ser muy prometedoras como estrategia contra estas infecciones”, concluye Ardavín.
junio 23/2017 (diariomedico.com)

Un equipo internacional de investigación ha descubierto diferencias específicas de la cepa entre los parásitos del paludismo que están vinculados a su potencial para causar la enfermedad en los seres humanos y determinar su gravedad. Este fenómeno podría tener importantes implicaciones para los ensayos de vacunas contra el paludismo actualmente en curso, según publica Science Translational Medicine.

Según estimaciones de la Organización Mundial de la Salud, en 2015 se registraron 212 millones de casos de paludismo en todo el mundo y 429 000 muertes. Durante las etapas iniciales de la infección por esta enfermedad, las formas inmaduras del parásito, llamado esporozoitos, invaden las células hepáticas donde maduran y se multiplican durante seis a siete días antes de liberar varios miles de descendientes en el torrente sanguíneo, causando síntomas clínicos.

Formas diversas

No todas las infecciones resultan en anemia que amenaza la vida y fracaso de órganos, razón por la cual los científicos han debatido durante mucho tiempo si los factores del huésped o del parásito, en última instancia, dictan los resultados de la enfermedad en los pacientes. El equipo de Matthew McCall, del Centro Médico Erasmus de Rotterdam, Holanda, llevó a cabo infecciones controladas de paludismo en 23 voluntarios humanos sanos, encontrando que tres formas geográficas y genéticamente diversas del parásito tenían una capacidad distinta de infectar las células del hígado.

Curiosamente, los investigadores observaron que el grado de infección en células hepáticas humanas que crecía en cultivo estaba estrechamente correlacionado con las cargas parasitarias en el torrente sanguíneo. Todos los participantes del estudio fueron tratados con fármacos antipalúdicos y posteriormente recuperados, aunque algunas cepas causaron síntomas más graves, incluyendo fiebre y malestar.
Según McCall “la variabilidad entre los tipos de parásitos indica que los desafíos futuros para los estudios sobre vacunas contra el paludismo deben utilizar múltiples cepas para predecir con mayor precisión la eficacia de los candidatos que más se pueden beneficiar”. El estudio también indica que la infectividad de las diferentes cepas del parásito puede variar en las poblaciones previamente expuestas al paludismo, por lo que se necesita más investigación en entornos endémicos.
junio 23/2017 (diariomedico.com)