Francisco Fernández del Castillo se graduó en la Escuela Nacional de Medicina. Tesis titulada: "Estudio semiológico del dolor de cabeza". Posteriormente, en 1926, ingresó como catedrático en la Escuela al ser nombrado profesor de trabajos prácticos de fisiología. Su labor docente se amplió al ser profesor de farmacología teórica, fisiología humana práctica, historia y filosofía de la medicina, así como física médica e higiene general. Autor de gran cantidad de trabajos sobre la historia de la medicina en México, en 1956 fundó el Departamento de Historia y Filosofía de la Medicina de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México.